Blog of Andrés Aravena
Share this page!
SysBio:

What people say about this course

11 September 2018

Shall you attend to “Systems Biology”? You could ask your friends that have already taken the course before. We asked them already, and here you can see what they say and decide if you want to attend and learn hard and interesting things.

Opinions are responsibility of each author. I do not necessarily agree or endorse them.

Zuhal Tunç
Zuhal Tunç

Systems Biology dersi Dr. Öğr. Üyesi Andres Octavıo ARAVENA DUARTE tarafından İngilizce verilen bol matematikli ve eğlenceli bir doktora dersi. Bu dersi seçmeyi düşünenlerin öncelikle http://ebs.istanbul.edu.tr/ üstünden Ders İzlencesi isimli formu incelemesini öneriyorum. Bu formda dersin amacı ve haftalık konu başlıkları yer alıyor. Derste genel olarak işlenen konular bu formda yer alanlar.

Pozitif noktalar:

Bu dersi, Moleküler Biyoloji, Biyostatistik ve Biyoinformatik dersi almış kişilere önerebilirim. 3-4 hafta boyunca sadece derste konusu geçecek kavramlarla ilgili Terminoloji üstünde durulması bence bu dersin en verim alabileceğiniz kısımlarından. Özellikle anlamadığınız noktaları Andres oldukça detaylı olarak örnekler vererek anlatıyor. Diğer bir nokta dönem sonunda kendi seçtiğiniz bir çalışmayı dersten öğrendiklerinizle birlikte tartışarak sunmanız gerekiyor ve öğrendiklerinizi sentez yaptığınız için bu da oldukça verimli geçiyor. Standart sınav formatından çok daha verimli olduğunu söyleyebilirim. Dersle ilgili bir googlegroup olması ve güncel olarak paylaşımların yapılması, dersi alanların eşzamanlı hareket etmesini kolaylaştırdığı için başka bir pozitif nokta. Andres öğrencileri teknolojinin nimetlerinden faydalanmaları konusunda oldukça güzel yönlendiriyor ki bana en önemli katkısı tanıştığımız zaman “googletakvim isimli bir şey var, kullan” demesi oldu :) Her derste kesinlikle yeni bir şey öğreniyorsunuz, kesinlikle uykuluysanız o uyku açılıyor ve kesinlikle ne yaptığınıza dair bir fikriniz yoksa ilerleyen derslerde büyük bölümünü anlamış oluyorsunuz :) Yeni öğrenciler için temel bilgilerinizi (başta bahsettiğim derslerle ilgili) tekrarlamalarını öneririm.

Negatif noktalar:

Dersin bana göre olumsuz tek yanı bahsettiğim ders izlencesinde yer alan bu ders için " biyolojik hipotezlerle matematiksel ve bilgisayar modellerinin birlikte değerlendirilmesini sağlar" cümlesinin dersi seçecek kişide bilgisayar programları aracılığıyla da (uygulama %80 göründüğü için) uzun dersler işleneceği algısı oluşturması ancak derste ağırlıklı olarak tahta üstünde ve defter üstünde biyolojik sistemlerin matematiksel olarak kavranması üzerinden gidilmesi. Dersten önce hocanın yanına giderek bilgi aldığımda “bu derste Biyoinformatik değil onun arkaplanındaki mantıktan bahsedeceğiz” dediği için genel olarak şaşırtıcı bir süreç olmadı ancak hocayla görüşmeden dersi seçecekler için bence bu bilgi faydalı olabilir. Bence ders bilgisayar laboratuvarında belli programlar üstünden (Örneğin R programlama dili ders boyunca kullanılıyor) işlenirse daha verimli geçebilir. Bu yorumumu kendisine de söylediğimde Andres şu yorumu yapmıştı onu da ekleyelim: “bilgisayar programları değişir ve her yeni program geldiğinde onu öğrenmekle zaman kaybetmek yerine değişmeyen bir şeyi öğrenmek her zaman daha iyi: Matematik” :)

Bu nedenlerle benim ders için puanın 5 üzerinden 4. Seçecek olanlar beklentileriyle ilgili hocanın yanına uğrarsa bu yazdıklarımla ilgili kendisinden de rahatça bilgi alabilir.
Onur Doğan
Onur Doğan

Dersi kendi özelimde, popülasyonlar arası farklılığın gösteriminde başvurulan metodları anlama sürecime yardımı dokunsun diye aldım. Neydı bunlar, işte karşılaştırmaya çalıştığınız belirli uzunluktaki bir DNA parçasını oluşturan bazların (A, T, C, G) hizalanmasında (alignment) bu bazların evrimsel yolculukları boyunca değişim geçirip geçirmedikleri hesaba katılıyor mu, katılıyorsa bunun matematiksel alt yapısı bize ne sunuyor? Ya da popülasyonlar arasındaki, mutasyonlara dayalı, network haritaları çizerken bu varyasyonları veren algoritmalar ve istatistiksel testlerin matematiksel anlamını anlamaya çalışmak aktif bir katılımcı olarak bu ders süresince beni ne kadar zorlar bunları test etme imkanım oldu.

İşleyiş çeşitli düzlemler (hücresel düzeyde metabolizma) ve bunların etkileşimi üzerinden sürse de ilgi alanıma göre uyarlayabilmeye çalıştım. Andres’in her daim sizi gafil avlamaya hevesli olması çoğu zaman sizi zorlasa da bu süreç, iyi bildiğinizi zannettiğiniz şeylere yeni yönler katabiliyor çoğu zaman, ya da “hmm… böyle de birşey varmış, güzel…” falan deyip kafanızda tasarlamaya çalıştığınız çalışmanızı zenginleştirebiliyor.

İyi bir temel matematik altyapınız yoksa benim gibi ders öncesinde ve sırasında bunu güçlendirmeye çalışmanız dersi anlama sürecinizi kolaylaştıracak Andres’e sorular sorup etkileşime girmenizi sağlayacaktır. Andres’in 3-4 tahta formül yazdığı günlerde aklımın bir köşesinde Jacques Monod’un Je cherche à comprendre (Anlamaya çalışıyorum) sözünü tutmaya çalıştım. Ders sonrasında arkadaşınızla " :/ hiç birşey anlamadım tadında " sohbetlere girişmekten çekinmeyin bu sayede bir çalışma grubu kurabilir anlamaya çalışma sürecinizi hacklemiş, birlikte kolaylaştırabilirsiniz. Üstelik ilerde kuracağınız olası işbirliklerinin de temelini şimdiden atmış olursunuz.

Andres’in ilginize sunacağı çalışmaları önemseyin, çok alakasız birşey olduğunu düşünüyorsanız zaten o soracaktır başka alternatifleri ilginize sunacaktır. Sürecin aktif katılım, etkileşim gerektirmesi sizi gerçek bir (onedemekse) doktora öğrencisi hissine sokacaktır. Anlamaya çalışın ve Andres’i alakasız sorularınızla taciz etmekten çekinmeyin (zaten siz bir sorana kadar o size 1652 tane soracaktır).

Andres’in dersi işleyişine +18.603.982.178 üzerinden: +15.320.821.544, kendi awkward conversationlarıma -2.870.932.862, dersin atmosfer ve olası etkileşimine de +4.069.811.732 veriyorum.
Omar Sajer
Omar Sajer

System biology was one of the most interesting, important and new lectures that I had during my study. As a student from a different country, system biology wasn’t a lecture to be given to biology students and still the learning system old but they are trying to develop it now.

In the beginning, I cannot tell that the system biology is easy (especially to me), in fact, it was hard and needed a lot work for me to understand even a little. Many things I learned from Dr. Andres during the classes and most interestingly the way that Dr. Andres was giving the lecture and showing many things how it’s doing to prove the facts for us and always asking if he had a mistake that we can correct to him, also he become happy of the questions or a suggestion we give and have a comment with a description.

All biologist and maybe other department students need to attend such a lecture as the system biology to know the programming language and how to describe the results, also its important in the case of studying DNA and sequencing.

At the end, I was so lucky to have this lecture and without doubt when it has given by Dr. Andres and I was working at home to develop my skills still have the motivation to do that.

Honestly, I can say that the lecture with the difficulties deserve to be excellent and I hope I can get more lectures as system biology to learn more and help who may ask about it.
Barış Salman
Barış Salman

I think there are few challenges with the course. First one that comes to mind is math. It makes the course challenging for your everyday biology major. However I think it was essential for understanding the subject and a crucial part of the course. I wouldn’t recommend this course to anyone who don’t get along with math.

Secondly, I think there is language barrier. English is a common problem among Turkish students. So I wouldn’t recommend to someone who is having hard time with language.

Third one is (I was part of it) student attendance problem. Even though course is optional students are still lazy ¯_(ツ)_/¯ and random nonattendance makes teamwork hard to achieve.

Lastly, I think students expectation from the course were different from each other and course outcomes. Course might be more goal-oriented if students expectations are clear from the beginning.

On a more personal note, I think course is too focused on lectures and could benefit from more hands-on supplementary practices. (I doubt other people would enjoy that).

Overall, great course for understanding underlying maths and statistics behind biological data from experiments and systems biology. 🌟🌟🌟🌟🌟.
Elmira Tabrizi
Elmira Tabrizi

It was a very good course and really a nice introduction to system biology. I enjoyed the course tremendously.

It is full of mathematical models. Mathematical models, based on differential equations or stochastic processes, appear in systems biology because those formalisms are very appropriate when the molecular networks of living cells are studied. These mathematics problems are somewhat difficult to understand. When I first began the course I was quite surprised at the problems and level of details. However, as we know all the difficult topics can be understandable by a description in simple language. (As I could do my final presentation from one of the most unclear and obscure paper by Dr. Andrés Aravena’s so helpful and summary descriptions.)

This I imagine is only possible thanks to the eminence and experience of Dr. Andrés Aravena.

Our courses had a really friendly atmosphere and depend on how as you want to learn you can ask any questions. Dr. Andrés will answer you patiently.

It was the excellent course, could be improved by more interactivity/problems solving type questions and any experimental data for practical training of some system biology tools.

My grade is 4/5! I didn’t give 5 just because we didn’t have enough possibilities to practice on any system biology tools.
Originally published at https://anaraven.bitbucket.io/blog/2018/sysbio/what-people-say.html